File:Input.zip

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PRBB Open Day 2014: Taller de Bioinformatica

1. Descargar el archivo Input.zip
2. subir todos los ficheros encontrado en la archiva zip applicando "unspecified" como genoma. En el resto del ejercicio, se utilizara el fichero ldoX36.fa como genoma de referencia.
3. haz click en el ojo del fichero "1 CL.fastq"
4. en la caja de recerca escribir la palabra "bowtie2" i haz click en "Bowtie2 is a short-read aligner"
5. en la caja "FASTQ file", selecciona el fichero numero 1 "CL.fastq"
6. en la caja "Specify the read group for this file?", cambia el "NO" por "YES"
7. aparecen cuatros cajas
8. en la primera, la secunda y la cuarta, escribir "CL"
9. en la tercera, escribir "ILLUMINA" en letra mayúscula
10. haz click en "Execute"
11. haz click en el nombre del fichera "4 Bowtie2 on data 1: aligned reads"
12. haz click en el symbolo con dos flechas
13. en la caja "FASTQ file", selecciona el fichero numero 1 "VL.fastq"
14. en la primera, la secunda y la cuarta, escribir "VL"
15. haz click en "Execute"
16. en la caja de recerca escribir la palabra "genotyper" i haz click en "Unified Genotyper SNP and indel caller"
17. en la caja "BAM file 1" , selecciona el fichero numero "4 Bowtie2 on data 1: aligned reads"
18. haz click en la caja "Add new BAM file" justo debajo
19. aparece una caja "BAM file 2" , selecciona el fichero numero "5 Bowtie2 on data 2: aligned reads"
20. haz click en "Execute"
21. en la caja de recerca escribir la palabra "snpeff" i haz click en "SnpEff Variant effect and annotation"
22. baja en la pagina i haz click en "Execute"
23. haz click en el ojo del fichero "9 SnpEff on data 6"
24. en la barra de menú todo arriba, haz click en "Visualization" i selecionna "New Track Browser"
25. aparece una nueva pagina, haz click en "Create"
26. haz click en "Add Datasets to Visualization"
27. selecciona los ficheros 9, 5, 4 y 3 i haz click en "Add"
28. copia el texto siguiente "Ld36_v01s1:2280746-2280776"
29. en la parte superior, haz click donde hi ha los numeros 0-2713247, pega el texto copiado i haz "Enter"